Si solo desea usar los nuevos estilos en su lugar , puede encontrar el elemento de link y simplemente reemplazar el href con la ruta al otro archivo. Como esto:

 document.querySelector("link[href=style.css]").href = "path/to/new/file.css";

Si desea anular algunos estilos, deberá asegurarse de que el nuevo archivo se cargue después del primero y luego use selecciones más específicas o !important . Sin embargo, realmente no puede "editar" el archivo en el navegador antes de cargarlo, que es lo que parece que podría estar preguntando.

Si desea editar el css y no reemplazar todo el css, puede usar el estilo en línea o puede usar bootstrap. Por ejemplo: