Usando este gráfico como ejemplo, quiero que el valor "-3" sea un valor absoluto, pero aún quiero que el gráfico vaya hacia abajo. Parece que highcharts requiere que el valor sea negativo para que el gráfico baje. ¿Hay alguna forma de evitar esto? 
A continuación se muestra el cdoe de configuraciones:
Highcharts.chart('container', { chart: { type: 'area' }, title: { text: 'Area chart with negative values' }, xAxis: { categories: ['Apples', 'Oranges', 'Pears', 'Grapes', 'Bananas'] }, credits: { enabled: false }, series: [{ name: 'John', data: [5, 3, 4, 7, 2] }, { name: 'Jane', data: [2, -2, -3, 2, 1] }, { name: 'Joe', data: [3, 4, 4, -2, 5] }] });Pero, ¿cuál es el sentido de crear este tipo de gráfico? Si el valor baja, debe ser más bajo que otros valores, de lo contrario, la legibilidad es falsa... Por supuesto, es posible lograrlo haciendo algunos cambios personalizados en la salida:
tooltip: { formatter() { return `${this.series.name}: ${Math.abs(this.y)}` } }, yAxis: { labels: { formatter() { return Math.abs(this.value) } }, },Demostración: https://jsfiddle.net/BlackLabel/u68tb5od/
API: https://api.highcharts.com/highcharts/yAxis.labels.formatter
API: https://api.highcharts.com/highcharts/tooltip.formatter