Hay formas de lograrlo, pero la utilidad de estos gráficos depende del contenido del archivo SBML. Supongamos que el archivo SBML contiene información de diseño en el paquete de diseño SBML. En ese caso, es posible convertirlo en una imagen de este tipo utilizando herramientas como las siguientes:

• EscherConvertidor
• Visor de diseño SBML

Si el archivo SBML no contiene información de diseño, las herramientas de diseño automatizadas pueden generar dichos gráficos, por ejemplo,

• Cytoscape con la aplicación Cy3SBML
• El convertidor de formato de biología de sistemas en línea ( SBFC )
• CellDesigner
• Otra opción podría ser la plataforma MINERVA que genera diseños similares a los de CellDesigner y brinda muchas opciones para trabajar con SBML, por ejemplo, a través de servicios web.

Tenga en cuenta:

1. El convertidor de formato de biología de sistemas (SBFC) crea archivos GraphViz para su posterior procesamiento. Puede compilarlos usando GraphViz y obtener SVG basados en un diseño automatizado.
2. CellDesigner admite directamente la exportación de SVG. Desde File > Export Image… > Seleccionar SVG files y luego Save . Actualmente, CellDesigner solo es compatible con SBML hasta el nivel 2, versión 4. Sus diseños suelen ser útiles y se pueden ajustar fácilmente de forma manual. Sin embargo, puede ser necesario convertir primero el modelo usando SBFC. También hay importadores y convertidores para CellDesigner que pueden manejar el paquete de diseño SBML si es necesario, como CellDesigner Parser .

Me pondría en contacto con el laboratorio de Sauro, tienen una serie de herramientas en desarrollo que deberían poder hacer esto (incluido PDF). También admiten la extensión de diseño/renderización SBML. También están desarrollando un convertidor de pydot a SBML.