Puede usar Array.reduce() para obtener el resultado requerido, para cada elemento en la matriz de entrada creamos una key .

Usaremos esta clave para crear una entrada en un objeto de mapa, y los elementos duplicados se eliminarán ya que compartirán la misma clave.

Una vez que tengamos todos los elementos en nuestro mapa, usaremos Object.values() para obtener la matriz resultante (única).

 let arr = [ ['A1', 'B2'], ['B1', 'A1'], ['A2','B1'], ['A1', 'B1']] const result = Object.values(arr.reduce((acc, el) => { // Create a key based on what we consider a duplicate. let key = el.sort().join("-"); acc[key] = acc[key] || el; return acc; }, {})); console.log('Result:', result)

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Otro enfoque es usar la función lodash uniqBy usando iteratee el => el.sort().join('-') :

 let arr = [ ['A1', 'B2'], ['B1', 'A1'], ['A2','B1'], ['A1', 'B1']] const result = _.uniqBy(arr, el => el.sort().join('-')); console.log('Result:', result)

 .as-console-wrapper { max-height: 100% !important; top: 0; }

 <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/lodash.js/4.17.21/lodash.min.js" integrity="sha512-WFN04846sdKMIP5LKNphMaWzU7YpMyCU245etK3g/2ARYbPK9Ub18eG+ljU96qKRCWh+quCY7yefSmlkQw1ANQ==" crossorigin="anonymous" referrerpolicy="no-referrer"></script>

Podría filtrar con un Set con valores normalizados (ordenados y unidos).

 const getValue = ([...a]) => a.sort().join(), array = [['A1', 'B2'], ['B1', 'A1'], ['A2', 'B1'], ['A1', 'B1']], result = array.filter((s => a => (v => !s.has(v) && s.add(v))(getValue(a)))(new Set)); console.log(result);

function removeRepeatedArray(arrays){ const map = new Map(); for(let i = 0; i < arrays.length; i++){ // convert each array to a unique key // subarrays needs to be sorted first const key = arrays[i].sort().join(""); if(map.has(key)){ // if exists replace it with undefined // you can use splice method to remove the repeated array it index i // I am using filter to keep the logic simple // using splice will require updating i arrays[i] = undefined; }else{ map.set(key, arrays[i]) } } return arrays.filter(el => el !== undefined); }