Debe llamar a Fn1 antes de Fn2 para acceder a su valor, así que Fn1 en Promise :

 App = { st: null,//st is number value Fn1: function() { return new Promise((resolve, reject) => { App.contracts.contractName.deployed().then(function(instance){ return instance.getST(); }).then(function(result){ App.st = result; resolve(); }).catch(function(err){ reject(err); }) }) }, Fn2: function() { alert(App.st) } }

o mejor con async/await :

 App = { st: null,//st is number value Fn1: async function() { try { const instance = await App.contracts.contractName.deployed(); const result = await instance.getST(); App.st = result; } catch(err) { throw err; } }, Fn2: function() { alert(App.st) } }

Ahora puede esperar hasta Fn1 exec antes de llamar a Fn2 :

 App.Fn1().then(function() { App.Fn2() })

o usando async/await :

 await App.Fn1() App.Fn2()