¿Cómo se configura la matriz x para que quede vacía?
var testObj = { x : ['1', '2'], y : ['1' , '3'] }
Para reemplazar
var testObj = { x : [], y : ['1' , '3'] }
Haz eso :
testObj.x = []
Espero haber ayudado
Si no desea reasignar la variable, también puede
testObj.x.length = 0;