Estoy tratando de crear un elemento HTML usando JavaScript document.createElement ("div") y luego lo antepongo/añado en mi encabezado del documento, pero a continuación se muestra lo que obtengo.
Nunca definiste el encabezado. Primero debe inicializarlo usando var header = document.querySelector('header');
Entonces puedes usar header.prepend(...);
Intenta reemplazar tu header.prepend a:
document.getElementsByTagName("header")[0].prepend(message);