Es efectivamente un número de línea.

In es una matriz de todas las entradas que ingresó durante una sesión, y Out es un diccionario de los resultados de las entradas correspondientes. Puede usarlos para hacer referencia a entradas y resultados anteriores; por ejemplo:

 In[1]: 0x7b Out[1]: 123 In[2]: 0x1c8 Out[2]: 456 In[3]: Out[1] + Out[2] Out[3]: 579 In[4]: In Out[4]: ['', '0x7b', '0x1c8', 'Out[1] + Out[2]', 'In'] In[5]: Out Out[5]: {1: 123, 2: 456, 3: 579, 4: ['', '0x7b', '0x1c8', 'Out[1] + Out[2]', 'In', 'Out']}