Tenía curiosidad (y no tenía nada que hacer) y decidí ejecutar un punto de referencia con lo siguiente para agregar elementos a las matrices:

 var num = []; for (var i = 0; i < 1000; i++) { num.push(i); }

parece ser un 90% más lento que

 var num = []; for (var i = 0; i < 1000; i++) { num[i] = i; }

Las posiciones de los elementos no me importan en este caso (siempre que se agreguen a la matriz).
¿Alguien puede explicar por qué Array.prototype.push() es mucho más lento? Puede encontrar el punto de referencia aquí .