A pesar de especificar una ruta, hacer clic en lo siguiente inicia una descarga en el nivel superior de la carpeta Descargas.

<a download="subDir/test.png"> linktext </a>

¿Hay alguna forma de especificar un directorio dentro de Descargas?

Esto es posible en una extensión del navegador (consulte la respuesta de Javascript, descargue un archivo BLOB generado sobre la marcha en una carpeta específica ), pero tal vez no directamente en HTML.

(Nota: no estoy tratando de acceder al sistema de archivos fuera de Descargas, lo que me doy cuenta es un problema de seguridad).