Tengo un elemento transparente como ese que está posicionado absolutamente
encabezado {posición: absoluta; arriba: 0px; ancho: 100%; }
... y está encima de un div coloreado.
¿Cómo obtengo el color del div debajo de un div transparente posicionado absolutamente con javascript?
Este es el div transparente (la barra de navegación): 
Esta es la barra de navegación cuando te desplazas un poco hacia abajo: 
No dude en hacer cualquier pregunta.
Parece que tiene que capturar una "captura de pantalla" y ver cómo se representa finalmente la página. Hasta donde yo sé, esa es la única manera.
Básicamente, necesitaría verificar el color renderizado de un solo píxel. No saber por qué quiere hacer esto es fundamental si es necesario o no.
Una forma de lograr esto es usar algo como https://html2canvas.hertzen.com para tomar una captura de pantalla de la página representada, poner eso en un elemento <canvas> y luego, una vez que lo tenga, verifique el color de un píxel que saber estar dentro del encabezado; consulte https://jsfiddle.net/ourcodeworld/8swevoxo/ para ver un ejemplo.