¿Alguien puede sugerir cómo podría hacer que esto funcione ...
Tengo un script R que tarda varios minutos en ejecutarse y escribe unos cientos de líneas de salida. Quiero escribir un contenedor de script de shell alrededor de este script R que iniciará el script R en segundo plano, canalizará su salida a un archivo y comenzará a seguir la parte inferior de ese archivo. Si el usuario ingresa CTRL-C, quiero que elimine el script de Shell y el comando de cola, pero no el script R. Suena simple, ¿verdad?
He producido un ejemplo simplificado a continuación, pero no entiendo por qué esto no funciona. Cada vez que elimino el script de Shell, el script R también se elimina a pesar de que aparentemente se ejecuta en segundo plano. Intenté nohup, disown, etc. sin éxito.
ejemplo.R
for(i in 1:1000){ Sys.sleep(1) print(i) }envoltorio.sh
#!/bin/bash Rscript example.R > logfile & tail -f logfile¡Gracias por adelantado!
Lo siguiente parece funcionar en mi máquina Ubuntu:
#!/bin/bash setsid Rscript example.R > logfile.txt & tail -f logfile.txt Estos son algunos de los procesos relevantes antes de enviar SIGINT a wrapper.sh :
5361 pts/10 00:00:00 bash 6994 ? 00:00:02 update-notifier 8519 pts/4 00:00:00 wrapper.sh 8520 ? 00:00:00 R 8521 pts/4 00:00:00 tail y después de Ctrl+C , puede ver que R aún se está ejecutando, pero wrapper.sh y tail han sido eliminados:
5361 pts/10 00:00:00 bash 6994 ? 00:00:02 update-notifier 8520 ? 00:00:00 R Aunque agregar su comando Rscript [...] con & lo enviará a un segundo plano, aún es parte del mismo grupo de procesos y, por lo tanto, también recibe SIGINT .
No estoy seguro de si fue su intención, pero dado que está llamando a tail -f , si no se interrumpe con Ctrl+c , su shell que ejecuta wrapper.sh continuará colgando incluso después de que se complete el proceso R. Si desea evitar esto, lo siguiente debería funcionar,
#!/bin/bash setsid Rscript example.R > logfile.txt & tail --pid="$!" -f logfile.txt donde "$!" es la identificación del proceso del último proceso en segundo plano ejecutado (la llamada Rscript [...] ).