Estoy aprendiendo Nodejs y express. Tengo algunas dudas al respecto, no entiendo cuál es la mejor práctica para nodejs usando import o require


La única "mejor práctica" es la que ha establecido su organización.
La única desventaja real es que los devops de su equipo no saben cómo escribir módulos para ES6.
He realizado innumerables revisiones de código en las que el desarrollador usa export.func() y luego lo importa en otro archivo.
A menos que su equipo tenga experiencia y no sea nuevo en JS, elija uno y no los combine. Ya que mencionaste que eres nuevo, quédate con CJS.
Material de lectura: diferencias de sintaxis entre los módulos CJS y ES6