Utilice la propiedad ChartArea.AlignWithChartArea

Mediante el uso de las propiedades AlignWithChartArea, AlignmentOrientation y AlignmentStyle, es posible alinear o sincronizar dos o más áreas de gráfico horizontalmente, verticalmente o ambas.

Primero, establezca la propiedad AlignWithChartArea en el nombre de un objeto ChartArea. Luego, esta área del gráfico se alineará, según la configuración de AlignmentStyle, que define la alineación que se utilizará, y la configuración de AlignmentOrientation, que define los elementos del área del gráfico que se deben usar para establecer la alineación.

Entonces, para poner ChartArea2 debajo de ChartArea1:

 ChartArea2.AlignWithChartArea1; ChartArea2.AlignmentStyle = AreaAlignmentStyles.Position; ChartArea2.AlignmentOrientation = AreaAlignmentOrientation.Vertical;

Así es como puede lograr lo que necesita, también refiriéndose a su pregunta aquí:
https://stackoverflow.com/questions/67124754/dynamically-add-chart-areas-in-vertical-alignment

Use la propiedad Position y lea los comentarios dentro del código:

 private void button1_Click(object sender, EventArgs e) { List<ChartArea> Areas = new List<ChartArea>(); int numberOfAreas = 5; chart1.Legends[0].Enabled = false; for (int k = 1; k <= numberOfAreas; k++) // YOU WANT 5 and not 4 AREAS - changed k< to k<= { var S1 = new Series(); chart1.Series.Add(S1); S1.Name = k.ToString(); for (int j = 0; j < 100; j += 10) S1.Points.AddXY(j, j / 10); S1.Color = Color.Transparent; Areas.Add(new ChartArea(k.ToString())); chart1.ChartAreas.Add(Areas[k - 1]); // IT IS k-1 and not k - we start counting from 0 S1.ChartArea = k.ToString(); chart1.ChartAreas[k - 1].AlignWithChartArea = chart1.ChartAreas[k - 1].Name; chart1.ChartAreas[k - 1].AlignmentStyle = AreaAlignmentStyles.Position; chart1.ChartAreas[k - 1].AlignmentOrientation = AreaAlignmentOrientations.Vertical; } // NOW THE IMPORTANT PART float currentHeight = 0; foreach (var itm in Areas) { itm.Position.Height = 100 / numberOfAreas; // Note: the valus are in percenteges and not absolute pixels itm.Position.Y = currentHeight; itm.Position.X = 5; itm.Position.Width = 95; currentHeight += 100 / numberOfAreas; } }

PRODUCCIÓN: