Ya tengo una aplicación ejecutándose en la instancia de Amazon EC2 con Apache y PHP instalados. Ahora estoy tratando de ejecutar otra aplicación en la misma instancia con otro apache instalado. ¿Es posible implementar?
Cuando dices "Con otro apache" te refieres a otra versión? ¿Por qué no puedes usar la misma versión para ambas aplicaciones? Tal vez lo que necesita es solo otra instancia de aplicación en lugar de una nueva instancia de apache.
De todos modos, como dijo David en los comentarios, debe verificar la ventana acoplable. Es la forma más fácil de hacerlo.
Si es demasiado, aquí tienes una página wiki donde configuran varias instancias de apache. Espero que sea útil.