Así que estoy tratando de envolver un código C con Cython. Leí los tutoriales de Cython aplicados sobre cómo hacer esto ( 1 , 2 ), pero estos tutoriales no dicen mucho sobre cómo compilar el código una vez que lo haya envuelto con Cython, por lo que tengo un error que dice que no puede encontrar mi C código.

Primero, mi secuencia de comandos cython ("calcRMSD.pyx"):

 import numpy as np cimport numpy as np cdef extern from "rsmd.h": double rmsd(int n, double* x, double* y) #rest of the code ommited

El código C que estoy tratando de envolver ("rmsd.h"):

 #include <string.h> #include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include <math.h> extern "C" { // svd from lapack void dgesvd_(char*,char*,int*,int*,double*,int*,double*,double*,int*,double*, int*,double*,int*,int*); } double rmsd(int n, double* x, double* y) { //code omitted }

Configuración.py

 from distutils.core import setup from distutils.extension import Extension from Cython.Distutils import build_ext from Cython.Build import cythonize import numpy as np setup( ext_modules = cythonize([Extension("calcRMSD", sources = ["calcRMSD.pyx"], include_dirs = [np.get_include()], libraries = ["dgesvd"] #extra_compile_args = ["-I."], #extra_link_args = ["-L./usr/lib/liblapack.dylib"] )]) )

Mi error:

 calcRMSD.c:269:10: fatal error: 'rsmd.h' file not found #include "rsmd.h"

Leí este hilo de desbordamiento de pila Usando Cython para vincular Python a una biblioteca compartida

pero seguirlo me da diferentes errores. Si trato de poner rmsd.h en las fuentes, dice que no reconoce el tipo de archivo.

¿Cómo vincular C personalizado (que a su vez necesita opciones de vinculación especiales para compilar) con Cython?

Esto parece algo prometedor, pero no estoy seguro de cómo usarlo.

¡Por favor ayuda!