Me conecté a mi Cluster (MongoDB Atlas) usando Studio 3T. Pero cuando hago clic en el botón de usuarios, recibo el error de la foto. Tengo el usuario ailtonjr con rol atlasAdmin@admin en Acceso a Base de Datos y mi IP en Acceso a Red. Puedo eliminar y crear bases de datos normalmente en Atlas a través del navegador, pero no puedo en Studio 3T. 
atlasAdmin es un rol personalizado que no incluye muchos privilegios de "administrador" como cabría esperar. El equipo de MongoDB eligió dejar esto ambiguo a propósito, por lo que no está claro exactamente qué contiene este rol.
La razón por la que puede realizar todas esas acciones a través de su GUI es porque está conectado con un rol diferente allí, no es una conexión de base de datos directa. Sospecho que no permiten el acceso completo a los usuarios creados manualmente, ya que puede causar problemas de sincronización.
Lo que puede hacer es darle a su usuario el privilegio dbAdmin a través de su GUI, esto le permitirá crear y eliminar bases de datos.