La arquitectura lógica de MongoDB es:

 Cluster - Database -- Collection --- Document

Puede tener múltiples bases de datos, cada una con múltiples colecciones, cada una con múltiples documentos, cada una con lo que quiera poner en sus documentos.

Los documentos pueden tener campos complejos como objetos/diccionarios y listas/matrices.

Puede indexar en campos internos, no solo en los de nivel superior.