get(0) devuelve el primer elemento DOM que coincide con el selector.

eq(0) devuelve un objeto jQuery que contiene el primer elemento DOM que coincide con el selector.

En otras palabras, $("selector").get(0) es equivalente a $("selector").eq(0).get(0) .

El método .get() devuelve un elemento DOM en el índice dado.

El método .eq() devuelve un elemento DOM en el índice dado, envuelto en un objeto jQuery.

Otra diferencia es que si no pasa un argumento a .get() , devolverá una matriz de elementos DOM en el objeto jQuery.