Necesito ajustar el valor predeterminado del servidor para Max Input Vars en un sitio web>

Escribir ini_set('max_input_vars', 3000) en un script no funciona

Agregar lo siguiente a .htaccess hace que todo el sitio quede en blanco

 php_value max_input_vars 1000 php_value suhosin.post.max_vars 1000 php_value suhosin.request.max_vars 1000

No tenemos acceso al archivo ini.

¿Hay alguna forma de evitar esto a nivel de script?