Acabo de encontrar este problema de aspecto extraño. Ejecuté mi aplicación angular desde el servidor local y le di a mi archivo index.html enlaces de directorios un nivel por encima de él y el programa no pudo encontrarlos. Mi ruta relativa se veía así:

 <script src="../scripts/angular.min.js"></script>

Además, cuando ejecuto mi aplicación no desde un servidor, al igual que las rutas de un archivo HTML normal eran correctas. ¿Es esta una regla angular que los archivos de los directorios anteriores no se pueden vincular a la aplicación? ¿O simplemente hice algo mal?