¿Cómo debo agregar instrucciones de instalación para un paquete R usando github con mi Dockerfile?
El comando habitual en el entorno R es:
devtools::install_github("smach/rmiscutils")Pero ningún éxito hasta ahora. Intenté agregar el repositorio de github a las instrucciones de instalación:
RUN install2.r --error \ -r 'http://cran.rstudio.com' \ -r 'http://github.com/smach/rmiscutils'Pero me sale un error:
error in download. Status was '404 Not found'Tal vez usando la llamada Vanilla R pero no puedo descifrar el comando. ¿Alguna pista?
Prueba esto:
RUN installGithub.r smach/rmiscutils \ && rm -rf /tmp/downloaded_packages/Una buena práctica es eliminar todos los paquetes descargados para reducir el tamaño de la imagen.
Aquí se agregó el comando al instalar desde Bioconductor (por si alguien termina aquí buscando ayuda)
RUN install2.r -r http://bioconductor.org/packages/3.0/bioc --deps TRUE \ phyloseq \ && rm -rf /tmp/downloaded_packages/