Me pregunto si la matriz se actualiza después de que se ejecutacheck_plus_1
for(let i = array.length-1;i>0;i--){ if(k < test.length){ checking_plus_1(combine,array,test[k]) if(array[i] == 100 && array[i-1] == 100){ array[i] = array[j]; array[i-1] = array[j-1]; array[j] = test[k]; array[j-1] = test[k]; combine[j] = test[k]; combine[j-1] = test[k]; changeRowtoZero_minus_1(combine,array,i,i-1) } } }A pesar de que no conozco su función de checking_plus_1 , sí, puede mutar su matriz en su bucle for en cada iteración.
También puede ver los cambios agregando console.log(array) en su bucle for.