Estoy tratando de descargar un .xls cuando hago clic en un botón en mi sitio web para esto, está cargando otra página con

 header("Content-type: application/vnd.ms-excel");

en el archivo php

También estoy usando ciertas bibliotecas para generar el texto que se presentará en el archivo xls

 echo "<script src = '.....'></script>"

Cuando elimino la parte del encabezado, los datos se presentan correctamente en el navegador, pero con el encabezado a veces aparece el error "faltan archivos <ruta relativa agregada a mi carpeta de descargas>", pero el texto nunca está presente en el archivo xls que estoy generando usando los archivos javascript externos

Creo que al descargar hacen que la carpeta de descargas sea la raíz y quieren que todos los archivos externos estén presentes en mi computadora en lugar del servidor

¿Cómo puedo evitar esto? Gracias