La configuración de series.threshold le brinda la posibilidad de servir de base a la columna, en su caso, puede comenzar la columna desde 4 en el eje y.
Highcharts.chart('container', { chart: { type: 'column' }, title: { text: 'Stacked column chart' }, xAxis: { categories: ['Apples', 'Oranges', 'Pears', 'Grapes', 'Bananas'] }, series: [{ name: 'John', threshold: 4, data: [5, 3, 4, 7, 2] }, { name: 'Jane', data: [2, 2, 3, 2, 1] }, { name: 'Joe', data: [3, 4, 4, 2, 5] }] });Demostración: https://jsfiddle.net/BlackLabel/f73zcu4t/