indexOf devuelve -1 , si no encuentra el elemento en el contenedor. Debe usar indexOf en cada word de cadena y no en las words de matriz:

 var words = ['hello', 'sunshine', 'apple', 'orange', 'pineapple']; var wordsWithA = words.filter(function (word) { return word.indexOf('a') !== -1; }); console.log(wordsWithA);

probar

 var words = ['hello', 'sunshine', 'apple', 'orange', 'pineapple']; var wordsWithA = words.filter(function (word) { return word.indexOf('a') > -1; });

String.prototype.indexOf(searchString, position) toma dos argumentos:

1. Primero está la subcadena que necesita ser buscada.
2. El segundo es un argumento opcional, que es la posición desde donde se debe buscar la subcadena, cuyo valor predeterminado es 0 .

Y el método devuelve el índice de la primera aparición de searchString , si se encuentra, y devuelve -1 en caso contrario.

En su caso, puede omitir el argumento de position y hacerlo de la siguiente manera:

 const words = ["hello", "sunshine", "apple", "orange", "pineapple"], wordsWithA = words.filter((word) => word.indexOf("a") !== -1); console.log(wordsWithA);