Mire en Template Literals , ayuda a hacer que las cadenas sean más comprensibles

Prueba este:

 $scope.downloadFile=(fileName,id)=>{ <a href=`https://downloadFile?fileName=${fileName}&id=${encodeURIComponent(id)}`></a>; }

El uso de literales de plantilla ayudará a que sea más legible, pero coloque los acentos graves en el exterior de toda la cadena. Además, cuando usa funciones de flecha, puede omitir la declaración de return , pero solo si evita usar llaves. Tu función no devolvía nada.

 $scope.downloadFile = (fileName,id) => `<a href="https://downloadFile?fileName=${fileName}&id=${encodeURIComponent(id)}"></a>`;

Aquí hay una muestra en JS simple

 const downloadFile = (fileName,id) => `<a href="https://downloadFile?fileName=${fileName}&id=${encodeURIComponent(id)}"></a>` console.log(downloadFile("THEFILE","THEID"));