Son tan diferentes que realmente no vale la pena compararlos.

Vincular un controlador de eventos al evento de carga llamará a esa función cuando:

• El evento de carga se activa (después de que se hayan cargado la página y todas sus dependencias no asíncronas) y
• El bucle de eventos no está ocupado con otra cosa.

Pasar una función a setTimeout con un tiempo de 0 llamará a esa función cuando:

• 0ms han pasado y
• El tiempo de espera mínimo para el motor JS ha pasado y
• El bucle de eventos no está ocupado con otra cosa (que incluye el script que llamó setTimeout en primer lugar