Las otras publicaciones que he visto tratan sobre arreglos 1D, así que...

Matriz1

 [ ["PE","151"], ["PE","160"], ["PE","188"] ]

matriz 2

 [ ["PE","193"], ["PE","173"], ["PE","188"] ]

Resultado Esperado

 [ ["PE","151"], ["PE","160"] ]

Intenté usar filter , pero no estoy seguro de poder obtener el elemento para comparar.

 const newItems = Array1.filter(el => Array2[1].indexOf(el[1]) === -1)

¡Gracias!