En primer lugar, supongamos que está hablando de la diferencia entre esto:

 const myModule = require('myModule'); myModule.doSomething();

y esto:

 const { doSomething } = require('myModule'); doSomething();

En ambos casos, está cargando e inicializando todo el módulo. En el segundo caso, solo retiene una función exportada, pero el módulo completo aún se ha cargado y está en el caché del módulo.

¿Hay alguna diferencia de rendimiento cuando necesito un módulo completo frente a cuando necesito solo las funciones específicas del módulo en NodeJS?

Ninguna diferencia.