Anule los colores específicos declarándolos en una hoja de estilo, después de cargar pikaday. P.ej

 .is-today .pika-button { color: mediumpurple !important; /* default is #33aaff */ }

Puede jugar con el estilo abriendo las herramientas de desarrollo de Chrome y eliminando el

 <div class="pika-single is-bound left-aligned bottom-aligned is-hidden">

También puede usar JavaScript para aplicar algún estilo a un día específico, por ejemplo, el 11.

 document.querySelector('button[data-pika-day="11"]').style.background = 'green';

Y si desea utilizar un enfoque JS para aplicar el estilo a un día específico de la semana, por ejemplo, el lunes, dado que la semana de su calendario comienza con el lunes y no con el domingo:

 document.querySelectorAll('tr[class="pika-row"]').forEach(tr => { if(!tr.children[0].classList.contains('is-empty')) { tr.children[0].firstElementChild.style.background = 'green'; } })