En realidad, no es posible hacerlo de esta manera porque el script se activa en el lado del cliente mientras que el intérprete de PHP está trabajando en el lado del servidor. Si está seguro de que necesita usar JS para generar algún código PHP, le sugiero que envíe una solicitud usando wp_ajax https://codex.wordpress.org/AJAX_in_Plugins para enviar una solicitud en un servidor, y luego el servidor puede regresar cualquier resultado de código PHP que desee. No olvide que los códigos abreviados pueden usar activos adicionales que no se enviarán como respuesta.

La mejor manera es usar códigos abreviados en forma nativa dentro del contenido o plantillas de PHP. Especialmente la plantilla elementor donde puedes crear fácilmente partes de plantilla para diferentes lugares del sitio web.

Es un problema del recinto :
Usó comillas dobles anidadas en su php, lo que resultó en la ruptura del eco.

Siempre que su etiqueta <script> esté en su plantilla php (por lo que su shortcode php podría analizarse) intente esto (reemplace las comillas dobles del shortcode por comillas simples):

 <script> let myDiv = document.createElement("div"); myDiv.classList.add('test'); let my_var = `<?php echo do_shortcode("[elementor-template id='5078']"); ?>`; myDiv.innerHTML = my_var; document.querySelector("#instagram").appendChild(myDiv); </script>