Para llenar los espacios, le sugiero que use una esfera con el mismo radio que los cilindros, centrada en el punto en que se encuentran los dos cilindros.

Establezca recuentos de segmentos de altura y ancho para que coincidan con los cilindros para que todo se vea consistente.

Las partes que no están llenando el espacio quedarán ocultas dentro de los cilindros y no serán visibles.

Si desea mantener la cuenta regresiva de vértices, puede usar los parámetros theta en la geometría de la esfera para generar solo las partes que realmente necesita para llenar el espacio. https://threejs.org/docs/?q=sphere#api/en/geometries/SphereGeometry

Alternativamente, si lo que realmente está tratando de lograr es un objeto curvo con una sección transversal circular, puede soltar los cilindros por completo y extruir un círculo a lo largo de una curva para lograr la forma que desea.

https://threejs.org/docs/?q=extrude#api/en/geometries/ExtrudeGeometryhttps://threejs.org/examples/webgl_geometry_extrude_shapes.html