app.js es el "paquete". Es una concatenación de todos los archivos de su aplicación en uno.

Intenta ejecutar:

 npm run build

e inspeccione los archivos generados en la carpeta /dist .

Los archivos en las carpetas /dist son básicamente el paquete web de salida que produce cuando construye su proyecto. app.js en sí, como se dijo, es una concatenación de todos los archivos de su aplicación (aquellos escritos por usted mismo y tal vez algún tercero que haya importado), después de algunas transformaciones realizadas por los complementos y el propio paquete web.