Sé cómo abrir/editar archivos desde el servidor en FileZilla. Configuré esto:
/usr/bin/atom en edit -> settings -> file editing
Pero el problema es que abre el archivo en modo Atom no root.
¿Cómo abrir un archivo en el editor Atom como root?
Siga este paso para editar el archivo en el átomo del archivo zilla
Editar -> Configuración -> Edición de archivos
Consulte la imagen de abajo

Esto realmente funcionó para mí después de configurar esta configuración.
Esto no es un problema de Atom. Tiene que ver con los permisos de archivo en el servidor.
Incluso si pudiera iniciar Atom como root, aún no podrá ver/editar archivos en el servidor. Tienes que cambiar los permisos en los archivos del servidor.
Ejecutar un programa localmente como root no afecta sus permisos en un sistema remoto.
Desde el menú superior Seleccionar
Edit -> settings -> File editingDespués de cambiar la configuración, si los cambios no se reflejan por algún motivo, reinicie FileZilla o seleccione Reabrir archivo local como se muestra a continuación.