No puedo instalar el paquete R gsl en mi ubuntu 18.04 LTS y no entiendo cuál es el problema.
Desde dentro de R:
> install.packages('gsl') * installing *source* package 'gsl' ... ** package 'gsl' successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation checking for gsl-config... /usr/bin/gsl-config checking if GSL version >= 2.1... checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed configure: error: Need GSL version >= 1.16 ERROR: configuration failed for package 'gsl' * removing '/home/luca_ph/R/lib/R/library/gsl'Dice que necesita la versión gsl> = 1.16, sin embargo, la tengo instalada:
dpkg -s libgsl-dev | grep Version Version: 2.4+dfsg-6Además, gsl-config está disponible en $PATH (como se sugiere aquí .
Traté de pasar los argumentos del compilador apropiados a R cuando lo llamé (como se sugiere aquí ), sin embargo, falla de todos modos:
> gsl-config --libs -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lgsl -lgslcblas -lm > gsl-config --cflags -I/usr/include > CFLAGS="-I/usr/include" LDFLAGS="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -lgsl -lgslcblas -lm" R > install.packages('gsl') [...] * installing *source* package 'gsl' ... ** package 'gsl' successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation checking for gsl-config... /usr/bin/gsl-config checking if GSL version >= 2.1... checking for gcc... gcc checking whether the C compiler works... yes checking for C compiler default output file name... a.out checking for suffix of executables... checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ISO C89... none needed configure: error: Need GSL version >= 1.16 ERROR: configuration failed for package 'gsl'¿Que me estoy perdiendo aqui?
¡Muchas gracias!
A pesar del mensaje de error, el paquete R gsl ahora requiere la versión GSL >= 2.5 (ver aquí ). Aunque pude instalar la versión más reciente de GSL (2.7), no tenía los conocimientos suficientes para seguir los consejos del archivo INSTALL del paquete R:
Si el paquete gsl R se compila con éxito pero no se carga, asegúrese de informar al enlazador/cargador de su sistema dónde encontrar las bibliotecas GSL utilizadas para compilarlo. Ese paso puede pasarse por alto cuando se usa una instalación manual de GSL en lugar de una realizada por un administrador de paquetes.
Así que opté por usar el repositorio de PPA vinculado en la página web Cómo obtener el software GNU que tenía disponible la versión 2.5 de GSL.
En resumen, ejecuté estos comandos para solucionar el problema que describe:
sudo add-apt-repository ppa:dns/gnu sudo apt-get update sudo apt install libgsl-dev No estoy 100% seguro de si esto es aplicable en general, pero también tuve que eliminar la versión anterior de GSL con el comando sudo apt remove antes de instalar la versión más nueva.