Tuve el mismo problema y creo que lo he solucionado.

El depurador de Xamarin solo puede depurar código administrado (es decir, C#). Los puntos de interrupción solo funcionan con el depurador de Xamarin si el proyecto que se está depurando es un proyecto administrado. No funcionan si el proyecto es una aplicación nativa o una biblioteca nativa.

El depurador de Microsoft solo puede depurar código nativo (es decir, C/C++). Los puntos de interrupción solo funcionan con el depurador de Microsoft si el proyecto que se está depurando es una aplicación nativa o una biblioteca nativa, o si está conectado a un proceso de Android que ya se está ejecutando.

Pude usar ambos depuradores simultáneamente para depurar una aplicación híbrida (administrada + nativa), siguiendo este procedimiento:

• En las propiedades de la aplicación administrada, seleccione "Xamarin" para el depurador:
• En las propiedades del proyecto de la biblioteca nativa, en Depuración, asegúrese de que el destino de depuración y el paquete para lanzar coincidan con el destino y el APK seleccionados para la aplicación administrada. Esto asegurará que ambos depuradores se dirijan a la misma aplicación de Android y también le permitirá iniciar la aplicación directamente con el depurador de Microsoft (seleccionando la biblioteca nativa como destino para depurar) si solo desea depurar la parte nativa. Probablemente tendrá que buscar el APK y, para el destino, es posible que deba escribir el nombre del destino si no aparece en el menú desplegable (los nombres de destino son las cadenas que muestra "dispositivos adb").
• Seleccione la aplicación administrada para la depuración y asegúrese de que la arquitectura y el dispositivo de destino sean correctos en la barra de herramientas de depuración. Por ejemplo, si quiero depurar en mi Nexus 4, que usa la arquitectura ARM, me aseguro de que ARM esté seleccionado para el objetivo, no "Cualquier CPU", y mi Nexus 4 configurado como mi objetivo:
• Comience a depurar. En este punto, el depurador de Xamarin está activo y los puntos de interrupción en el código C# deberían estar funcionando.
• Mientras la aplicación administrada aún se está ejecutando o se está depurando, haga clic con el botón derecho en el proyecto de la biblioteca nativa y seleccione Depurar > Adjuntar al proceso de Android. Si todo va bien, el depurador de Microsoft se iniciará y también se adjuntará a la aplicación (excepto en el "lado nativo", por así decirlo).

Hice un video corto para demostrar esto: depuración de Android con código nativo y administrado usando Visual Studio 2015

El consejo descrito en esta publicación resolvió mi problema:

https://blogs.msdn.microsoft.com/cesardelatorre/2016/02/06/resolviendo-problemas-con-vs-android-emulator-xamarin-apps-and-intel-skylake-processor-ie-when-using- a-microsoft-surface-book-i7-surface-pro-4-etc/

SOLUCIÓN:

¡Y teníamos razón! El problema está relacionado con Hyper-V en Windows 10 cuando se ejecuta en los últimos procesadores Intel (Skylake). (Gracias Mike, del equipo de VS Android Emulator, quien sugirió esta posible solución).

Caliente para arreglarlo:

• En el administrador de Hyper-V, haga clic con el botón derecho en la VM de Android que está utilizando.
• Haga clic en Configuración
• Expanda "Procesador", seleccione "Compatibilidad"
• Habilite "Migrar a una computadora física con una versión de procesador diferente"

Puede ver a continuación la casilla de verificación que debe seleccionar.