Tuve un problema similar, dos sitios web idénticos que comparten varios modelos pero con diferentes objetos. Desafortunadamente, fusionarlos por natural_key fue imposible.

Tuve que implementar un nuevo comando django similar a loaddata, para agregar todos los modelos del segundo sitio web al primero.

Puede encontrar el código de la solución en esta esencia:

https://gist.github.com/MattFanto/f6c0ee0bc392da1d0d90f28efdb77e40

siempre está el volcado de datos de django, que es bastante fácil de usar.

o podrías hacer esto manualmente:

• si las 2 bases de datos comparten los mismos datos (se reflejan entre sí) y la misma estructura de tabla, puede ejecutar un syncdb desde django para crear la nueva estructura de tabla y luego volcar e importar (supongo que está usando mysql, pero la idea general es la misma) la base de datos anterior en la nueva
• si las dos bases de datos comparten datos diferentes (aún con la misma estructura), debe importar cada fila de las dos bases de datos: de esta manera, mantendrá las relaciones, etc., pero tendrá su identificación única actualizada a la nueva base de datos única.
• si las dos bases de datos son diferentes tanto en datos como en estructura, tendrá que ejecutar dos sincdb y dos importaciones, pero este no parece ser su caso