Lo que cree que es su error es en realidad el resultado de ServerDoc.findOne() . Como no está usando await o .then() cuando busca un documento de su colección, esto es lo que obtiene cuando usa .findOne() . Para obtener los datos en lugar de esto, solo tiene que cambiar su código a esto:

 case 'setup': let serverSetup = await ServerDoc.findOne({id: message.guild.id}) if(serverSetup) return console.log(serverSetup) if(!serverSetup){ let newServersetup = new ServerDoc({name: message.guild.name}) newServersetup.save(); console.log(newServersetup) }