Algunas bibliotecas tienen una opción para renderizar previamente el gráfico, por lo que la renderización estará más cerca del resultado final. Ejemplo:

https://github.com/vasturiano/3d-force-graph ->

 warmupTicks([int]) Getter/setter for number of layout engine cycles to dry-run at ignition before starting to render. 0

¿Hay algo similar para Cytoscape.js?