buscando un ejemplo de código de un gráfico de matriz de puntos, creado con la última versión de D3. Esencialmente tratando de lograr algo como la imagen adjunta.

Lo que buscas ya está implementado por Arpit Narechania . Puede usar su biblioteca de javascript para generar gráficos de Dot Martix listos para usar o mirar su fragmento de código para escribir el suyo propio .
Usar la biblioteca es tan simple como puede ser:
<script src="/path/to/d3.min.js"></script> <script src="/path/to/dist/DotMatrix.css"></script> <script src="/path/to/dist/DotMatrix.js"></script> <div id="DotMatrix"></div> ... var chartOptions = { dot_radius: 5, no_of_circles_in_a_row: 40, dot_padding_left: 5, dot_padding_right: 5, dot_padding_top: 5, dot_padding_bottom: 5 }; DotMatrixChart(yourDataset, chartOptions);