Use toString() en lugar de parseInt :

 11..toString(2)

 var str = "11"; var bin = (+str).toString(2); console.log(bin)

Según la documentación de JavaScript:

Todos los siguientes ejemplos devuelven NaN:

parseInt("546", 2); // Los dígitos no son válidos para representaciones binarias

parseInt(number, base) devuelve el valor decimal de un número presentado por el parámetro number en base base.

Y 11 es el equivalente binario de 3 en el sistema numérico decimal.

 var a = {}; window.addEventListener('input', function(e){ a[e.target.name] = e.target.value; console.clear(); console.log( parseInt(a.number, a.base) ); }, false);

 <input name='number' placeholder='number' value='1010'> <input name='base' placeholder='base' size=3 value='2'>

Como se indica en la documentación de parseInt : la función parseInt() analiza un argumento de cadena y devuelve un número entero de la base especificada (la base en los sistemas numéricos matemáticos).

Entonces, está haciendo exactamente lo que debería hacer: convertir un valor binario de 11 a un valor entero de 3 .

Si está tratando de convertir un valor entero de 11 a un valor binario, necesita usar el método Number.toString :

 console.log(11..toString(2)); // 1011