Podría usar esa sintaxis si quisiera elegir entre diferentes métodos dinámicamente. Pero no hay un método de "no hacer nada" que pueda sustituir en lugar de y cuando la condición es falsa.

Utilice una sentencia if en su lugar.

 let temp = myFunction.x();
if (isTrue) {
 temp = temp.y();
}
temp.x()

Aquí hay otra solución que se parece más a lo que imaginaste originalmente. La solución de Barmar funcionará bien, pero pensé en mostrar un enfoque diferente más como lo imaginaste:

 obj
 .x()
 [doIt ? "y" : "noop"]()
 .x();

En este esquema, doIt es cualquier expresión booleana o booleana y .noop() es un método de "no hacer nada" en el objeto.

Y, aquí hay un ejemplo de trabajo que puede ejecutar en un fragmento:

 const obj = {
 x() {
 console.log("executing x() method");
 return this;
 },
 y() {
 console.log("executing y() method");
 return this;
 },
 noop() {
 console.log("executing noop() method");
 return this;
 }
}

// try both values of the boolean
for (let doIt of [true, false]) {
 console.log(`\nresults for doIt = ${doIt}`);
 obj
 .x()
 [doIt ? "y" : "noop"]()
 .x();
}