Hay muchos, pero es principalmente una cuestión de elección . Aquí hay algunos beneficios:

• La configuración de Docker es inmutable, donde la variable de entorno no lo es (aunque esta puede ser tanto una ventaja como una desventaja)
• La configuración de Docker es fácilmente manejable con los comandos de docker config de Docker donde las variables de entorno no lo son
• Las variables de entorno pueden colisionar en su contenedor: puede usar la variable de entorno MONGODB_HOST=mongodb://foo:bar@my-mongo:27017 que apunta a la base de datos de Mongo, pero una biblioteca que está usando en su aplicación también usará esta variable pero espera un simple nombre de host como my-mongo y lanzar una excepción en tiempo de ejecución
• El archivo de configuración puede tener un permiso de lectura restringido (es decir, solo el usuario de la aplicación puede leerlo), donde la variable de entorno puede filtrarse a un subproceso o a cualquiera que acceda a su contenedor
• El archivo de configuración se puede dividir en varias partes para facilitar la lectura o la administración en su contenedor, las variables de entorno no pueden
• Al verificar cuál es la configuración efectiva de su contenedor (es decir, ejecutar un shell en su contenedor y mirar alrededor), usar el archivo de configuración es mucho más fácil que mostrar un montón de variables de entorno potencialmente no relacionadas ( cat myconfig VS. env )
• En resumen, el archivo de configuración está más particionado y es más manejable que las variables de entorno.

Puede echar un vistazo a esta publicación que no es específica de Docker, pero puede brindar algunas ideas.