Dado que 3.x aún no admite la retención nula, sus opciones son algo limitadas:

1. Envíe un PR para agregar la función que falta. Un vistazo rápido al código fuente de protobuf me hace pensar que sería bastante trivial de implementar. En la línea 161 del archivo fuente vinculado, parece haber un tiro para nulos, que es donde comenzaría. Sin embargo, podría estar muy equivocado acerca de lo complicado que sería esto.
2. Vea si puede usar ambas bibliotecas al mismo tiempo. Necesitaría saber (o detectar) si los datos para serializar están en formato v2 o v3 (no lo he comprobado, pero me sorprendería si no hubiera una forma de detectar esto mirando los primeros bytes). Es posible que deba compilar una versión personalizada para darle un espacio de nombres diferente, para que los dos coexistan.
3. Migrar datos a v3. Puede hacer esto como una operación única (menores cantidades de datos que usted controla) o bajo demanda (grandes cantidades de datos o datos recibidos externamente). Deberá rediseñar los tipos utilizados en las listas con valores nulos, de modo que ya no tenga valores nulos (por ejemplo, al tener un valor personalizado que represente lógicamente el valor nulo).
4. Quédate con la v2. Es estable y funciona excepcionalmente bien, por lo que, a menos que tenga una necesidad específica de actualizar, puede que no valga la pena el esfuerzo.