Tengo un montón de archivos de texto, todos con la misma estructura, y necesito extraer una parte específica en una línea específica.
Puedo extraer fácilmente la línea con awk:
awk 'NR==23' blast_out.txt CP046310.1 Lactobacillus jensenii strain FDAARGOS_749 chromosome,... 787 0.0 Pero no quiero toda la línea, sino solo la parte entre el primer espacio a la izquierda (después de CP046310.1 ) y el doble espacio a la derecha (antes de 787 ). El resultado final debe ser:
Lactobacillus jensenii strain FDAARGOS_749 chromosome,...Probé varias combinaciones de awk y grep pero no puedo encontrar la correcta para extraer este patrón específico.
Primera solución: con las muestras mostradas, intente seguir el código awk . La explicación simple sería anular el primer, el segundo y último campo y el último campo, luego sustituir globalmente el espacio inicial y final con NULL, luego imprimir la línea.
awk '{$1=$NF=$(NF-1)="";gsub(/^ +| +$/,"")} 1' Input_fileO para ejecutarlo en la línea 23, cámbielo a:
awk 'FNR==23{$1=$NF=$(NF-1)="";gsub(/^ +| +$/,"");print;exit}' Input_file2da solución: pasar por campos e imprimir valores que se requieren según la necesidad.
awk '{for(i=2;i<(NF-1);i++){printf("%s%s",$i,i==(NF-2)?ORS:OFS)}}' Input_fileO en la línea 23 intente lo siguiente:
awk 'FNR==23{for(i=2;i<(NF-1);i++){printf("%s%s",$i,i==(NF-2)?ORS:OFS)};exit}' Input_fileUsando sed puedes usar esta solución:
sed -En '23s/^[^ ]+ | .*$//gp' file Lactobacillus jensenii strain FDAARGOS_749 chromosome,... O usando awk :
awk 'NR == 23 {gsub(/^[^ ]+ | .*$/, ""); print}' fileSi obtengo lo que pide, desea extraer los campos del segundo (incluido) al penúltimo (excluido). yo iría con:
awk ' FNR==23 {for (i = 2; i < NF - 2; i++) { printf("%s ", $i) }; printf("%s\n", $i); exit }' file_pathUn ejemplo con la línea que publicaste:
$ echo "CP046310.1 Lactobacillus jensenii strain FDAARGOS_749 chromosome,... 787 0.0" | awk '{for (i = 2; i < NF - 2; i++) { printf("%s ", $i) }; printf("%s\n", $i); exit }' $ Lactobacillus jensenii strain FDAARGOS_749 chromosome,... Supongo que el chromosome,... no contiene espacios y solo tiene espacios individuales que separan los campos que desea extraer. Si la segunda condición no es verdadera, esos espacios adicionales se eliminan.