Tenía una imagen acoplable que se estaba construyendo con éxito durante meses. Sin embargo, desde el 17 de diciembre me encontré con el error que se muestra en la salida de la consola de Jenkins a continuación. Nada ha cambiado en el archivo acoplable, por lo que claramente tiene algo que ver con el entorno subyacente, tengo un servidor Jenkins ejecutándose en AWS EC2. Lo extraño es que todos los demás paquetes se instalan bien sin ninguna referencia a R_HOME, es solo la instalación del paquete XML la que falla

Intenté establecer explícitamente R_HOME en el archivo acoplable según este hilo , pero no tuve suerte.

 ENV R_HOME /usr/lib/R

Etapa de Jenkins

 stage ('Build docker image') { steps { dir ('DockerImage') { sh 'docker-compose build' } } }

Salida de la consola Jenkins

 Step 17/20 : RUN R -e "install.packages('XML')" ---> Running in cfc007e0ce94 [91mERROR: R_HOME ('/usr/lib/R') not found

Dockerfile

 # Run executable JAR in Linux FROM cardcorp/r-java # Set R and jri PATH ENV LD_LIBRARY_PATH "$LD_LIBRARY_PATH:/usr/bin/:/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/" # Install packages in R RUN R -e "install.packages(c('data.table', 'Rcpp', 'zoo'))" RUN R -e "install.packages('foreach')" RUN R -e "install.packages('doParallel')" RUN R -e "install.packages('signal')" RUN R -e "install.packages('bitops')" RUN R -e "install.packages('matlab')" RUN R -e "install.packages('GENEAread')" RUN R -e "install.packages('tuneR')" RUN R -e "system('apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys ABC')" RUN R -e "system('apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys XYZ')" RUN R -e "system('apt-get update && apt-get install -y gcc-8-base apt-transport-https')" RUN R -e "system('apt-get install -y libxml2-dev')" RUN R -e "install.packages('XML')"

Editar: Mirando la marca de tiempo de cuando comenzó a ocurrir el problema, descubrí que había una versión de Debian que coincide con mi problema. Me pregunto si es posible especificar la versión de Debian para usar en el archivo Docker