Ambos van a tener el mismo efecto .

Sin embargo, como se señaló en los comentarios: $(window).scrollTop() es compatible con más navegadores web que $('html').scrollTop() .

Primero, debe comprender la diferencia entre window y document . El objeto de window es un objeto del lado del cliente de nivel superior. No hay nada encima del objeto window . JavaScript es un lenguaje orientado a objetos. Comienza con un objeto y aplica métodos a sus propiedades oa las propiedades de sus grupos de objetos. Por ejemplo, el objeto de document es un objeto del objeto de window . Para cambiar el color de fondo del document , establecería la propiedad bgcolor del document .

 window.document.bgcolor = "red"

Para responder a su pregunta, no hay diferencia en el resultado final entre la window y el document scrollTop . Ambos darán la misma salida.

Consulte el ejemplo de trabajo en http://jsfiddle.net/7VRvj/6/

En general, use document principalmente para registrar eventos y use window para hacer cosas como scroll , scrollTop y resize el tamaño.

La forma de hacer esto entre navegadores es

 var top = ($(window).scrollTop() || $("body").scrollTop());