Podrías usar algo similar hecho por mongeez . Esto es básicamente un iniciador para spring-boot que ejecuta scripts antes de que se inicialicen los beans spring-data-mongodb.

Puede acompañar y aprovechar el ciclo de vida de inicialización de spring-boot, donde después de conectar los beans, ejecuta todos los beans CommandLineRunner .

 @SpringBootApplication public class YourApplication { final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(getClass()); @Autowired private MongoRepository repo; @Bean CommandLineRunner preLoadMongo() throws Exception { return args -> { //repo.doSOmethingInMongoDB } public static void main(String[] args) { SpringApplication.run(YourApplication.class, args); }