Empecé un nuevo proyecto en PyCharm. Tengo instalada Anaconda 3.6. Entonces, en PyCharm, seleccioné Anaconda python.exe como intérprete del proyecto.
Cuando ejecuté PyCharm por primera vez, usó la consola IPython como consola "predeterminada" para ejecutar mi script. Luego reinicié mi PC y ahora PyCharm usa la terminal cuando ejecuto mis scripts. ¿Por qué? No quiero usar la terminal, viniendo de Anaconda Spyder IDE. Estoy acostumbrado a IPython, me gusta y quiero usarlo.
¿Cómo puedo deshabilitar completamente la terminal y usar solo la consola de IPython?
Respuesta corta:
File > Default settings > Build, Execution, Deployment > Console y seleccione Use Ipython if availableRun > Edit Configurations y seleccione Show command line afterwardsSugerencia: ejecute partes seleccionadas de su código con ALT + SHIFT + E
Los detalles:
Si ha seleccionado Anaconda como el intérprete del proyecto, lo más probable es que IPython sea la consola seleccionada aunque no se vea ni se comporte como la IPython console you are used to in Spyder :
A diferencia de Spyder, PyCharm has no graphical indicator muestre que se trata de una consola IPython.
Para asegurarse de que es una consola IPython y hacer que se comporte más o menos como la consola IPython a la que está acostumbrado desde Spyder, debe seguir estos dos pasos:
Vaya a File > Default Settings > Build, Execution, Deployment > Console y asegúrese de seleccionar Use IPython if available . 
Vaya a Run > Edit Configurations y seleccione Show command line afterwards 
Ahora puede ejecutar partes seleccionadas de su código con ALT+SHIFT+E más o menos exactamente como en Spyder.
Si esto no funciona, deberías revisar estas otras publicaciones en SO:
En la nueva versión de Pycharm, tiene una opción diferente en Editar configuración.
Vaya a Run > Edit Configurations y seleccione Run with Python console